几个生物信息分析常用工具

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楼主 2020-11-21 08:13:45
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 近几年生物信息发展迅速,现在总结一下常用生物信息学软件:


一、BLAST


BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。


BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法,您可以参考NCBI的BLAST Course ,该页有BLAST算法的介绍。


功能:BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。


BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从BLAST发展到NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对 序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核酸序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。


GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST:

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。


通常根据查询序列的类型(蛋白或核酸)来决定选用何种BLAST。假如是作核酸-核酸查询,有两种BLAST供选择,通常默认为BLASTN。


官网:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/



二、CytoScape

Cytoscape 是 Institute for Systems Biology (Leroy Hood 实验室)、加州大学圣地亚哥分校 (Trey Ideker 实验室)、加州大学旧金山分校 (Bruce Conklin 实验室)、Memorial_Sloan-Kettering 癌症研究中心 (Chris Sander 实验室)、Pasteur 研究院 (Benno Schwikowski 实验室) 等研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。Cytoscape 的核心即是网络,每个节点 (node) 是基因、蛋白质或分子,而节点与节点之间的连接 则代表着这些生物分子之间的相互作用 。


官网:http://www.cytoscape.org/



三、Gene Runner

生物基因分析Gene Runner是一个专业的应用,为遗传学家和生物学家提供了可靠的工具,可以帮助他们进行基因分析提供方便。


该应用程序需要包含遗传信息序列格式的文件,然后可以使用“ORF”(开放阅读框)按钮,使用户能够设置首选核苷酸或氨基酸大小,以及选择“转换表”分析一起工作。开的ORF项目后,用户可进行各种注释为每个条目。


在`序列和杂交分析“功能允许用户显示所选择的DNA部分的引物的特性。此外,关于这些元素的所有信息是可编辑的。


官网:http://www.generunner.net



四、vector NTI(商业软件

Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。它主要包括四个组件,分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。


下载地址:http://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/life-sciences/Cloning/NTI%20SOFTWARE%207-15/Vector%20NTI%20Advance%2011.5.4.exe


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