#软件工具#PPA_Pred----蛋白互作预测的工具

-回复 -浏览
楼主 2020-10-11 14:13:53
举报 只看此人 收藏本贴 楼主

蛋白之间的互作在很多生物学过程中都起着一个很重要的作用,而且他们还起到一些润滑各个身体技能器官的作用。

而预测蛋白复合物之间连接位点可以使我们更加深的了解到蛋白之间的识别机制以及识别出新的蛋白结合规律。

而我今天介绍的这个网站就是能够提供一个这样的功能的网站,在http://www.iitm.ac.in/bioinfo/PPA_Pred/上大家能够运用网站所提供的功能进行一系列的预测。下面我先给大家演示一下网站的具体功能。

 
网站的首页很简洁,没有太过花哨的部分,而且进入网站,网站的功能一目了然,就是帮助使用者预测所感兴趣蛋白的结合位点,以及结合的能力。


 
在选择感兴趣蛋白的分类中,有7个分类,分别是1:抗原-抗体;2:酶-抑制剂;3:其他酶;4G蛋白;5:受体;6:非同源;7:其他混杂


可见网站所涉及的各类分类相当齐全,连无法定义的类别,网站都一并考虑到了。

选好我们感兴趣的蛋白互作类型分类,下面们需要将我们所需要预测的蛋白序列投入到比对框中。如下图所示。

 
Enter the amino acid sequence of the two interacting proteins in fasta format)网站中给出了这样的提示,提示用户需要提交的数据格式,我们以网站所给例子进行操作。


分别输入了两个蛋白序列,并选择酶-抑制剂作为蛋白互作类型进行预测评估。点击submit,结果很快给出,结果页面相当简单,就是预测了两个蛋白的亲和力,如下图所示:

 
两个表示亲和力的值,一个是binding自由能,一个是电离常数。

我们刚刚选择的蛋白互作类型为酶与抑制剂,我们接着换个互作类型,换成其他类型,结果如下图:



 发现结果变化明显,可见网站本身的算法是很敏感,具体算法可见文献(Protein–protein binding affinity prediction from amino acid sequence),如果大家以后需要预测。


或者验证蛋白互作,或者是否互作,这个网站将为大家提供一定的贡献。

希望此次介绍能为大家以后的生物信息研究起到不错的作用,谢谢大家。


亲们,福利来了,我们实用Meta分析QQ群也建立了,(Meta分析:422021477)诚挚邀请您的加入,实用Meta分析为您解决分析过程中的所有问题。


1、RCT的Meta分析:文献检索-质量评价-统计分析-RevMan/Stata/R

https://ke.qq.com/course/89244#term_id=100088703



2、RCT的Meta分析(文献检索-质量评价-统计分析-Stata)

https://ke.qq.com/course/89362#term_id=100088872



3、RCT的Meta分析(文献检索-质量评价-统计分析-R)

https://ke.qq.com/course/89364#term_id=100088874


4、RCT的Meta分析(文献检索-质量评价-统计分析-RevMan)

https://ke.qq.com/course/89360#term_id=100088870





没有临床数据做生存率分析,结果可以作为论文的一部分

生信小白如何用云生信分析芯片数据发表接近10分文章

轻戳即可了解

长按二维码关注云生信








欢迎加入云生信QQ群:424014618跟大家一起学习生信知识,关注生信发展,分享生信经验

回复“生信基础”即可获得收集的237M的生物信息学基础学习资料

回复“R相关”即可获得收集的163M的生物信息学技术学习资料

回复“编程即可获得整理的生物信息学编程学习资料(最新更新)


谢谢您阅读云生信。个性化的生物信息学分析服务,助您发表高分文章!如果您有合作需求,点击阅读原文了解更多


我要推荐
转发到